L'humiliation prussienne
La dissolution du Saint-Empire romain germanique ne plait pas au royaume de Prusse. Le 1er octobre 1806, Frédéric Guillaume III, roi de Prusse lance un ultimatum à Napoléon, lui demandant de se retirer de l'Allemagne de l'Est. Face au refus français et à l'invasion de la Grande Armée, la Prusse déclare officiellement la guerre à la France le 9 octobre 1806. Le même jour, deux divisions prussiennes sont battues à Saalbourg et à Schleiz. Le 10, l'avant-garde prussienne est anéantie à la bataille de Salfed, où le prince Louis-Ferdinand de Prusse y perd la vie. Le 14 octobre 1806, Napoléon 1er met en déroute l'arrrière-garde de Frédéric-Guillaume III à Iéna à l'instar du maréchal Davout, qui bat à 4 contre 1, le gros des troupes adverses à Auerstaedt. Pendant un mois, l'armée française va poursuivre les Prusssiens en complète débandade et capturer ou tuer les survivants de la campagne. La Prusse mettra quelques années (7 ans précisément) à se remettre de ces humiliantes défaites.
L'écrasante victoire de Iéna, complétée par celle d'Auerstaedt
Le 16 novembre, l'armistice est signé (finalement non-ratifié par Frédéric-Guillaume III). Le 21, Napoléon instaure le Blocus continental, par le décret de Berlin, contre l'Angleterre, consistant à isoler l'île du marché économique. Puis le 25, la Grande Armée quitte Berlin pour affronter les Russes qui viennent au secours de leur alliée la Prusse: la campagne de Pologne commence.