Campagne d'Egypte 1798-1801
À son retour d'Italie, le général Bonaparte, couvert de gloire, est accueilli en héros par le Directoire qui organise une cérémonie officielle pour célébrer la paix de Campo-Formio. Sa popularité auprès des Français est de plus en plus importante, ce qui inquiète le gouvernement qui décide de l'envoyer en Egypte, couper la route des Indes aux Anglais.
En avril 1798 est créée l’armée d'Orient placée sous les ordres du vainqueur de la campagne de l'Italie. Le 19 mai 1798, Bonaparte quitte Toulon avec le gros de la flotte française et parvient à échapper à la poursuite de la flotte britannique de Nelson. Le 1er juillet 1798, Alexandrie est occupée par l'armée française. Le premier véritable combat de la campagne d'Égypte a lieu à Chebreiss le 13 juillet 1798 où les cavaliers mamelouks sont défaits, grâce à l’artillerie de l’armée d'Orient. Le 21 juillet, à la bataille des Pyramides de Gizeh, Bonaparte bat à nouveau l’armée des mamelouks. Le 24 juillet, l'armée républicaine entre en vainqueur au Caire mais les 1er et 2 août, la flotte française est presque entièrement détruite à Aboukir par la flotte de l'amiral Nelson.
A vous de jouer ! Aidez Bonaparte à vaincre les Mamelouks !
Victoire des Pyramides où les Mamelouks sont écrasés. Bonaparte harangua ses troupes en lançant: "Soldats ! (...) Songez que du haut de ces pyramides quarante siècles vous contemplent !"
Expédition de Syrie
En février 1799, Bonaparte se déplace en Syrie pour affronter les troupes ottomanes que le sultan a envoyées pour attaquer les Français en Égypte. Le 10 février 1799, Bonaparte quitte le Caire avec son armée et bat les Turcs aux combats d’El-Arich et de Gaza. Le 7 mars 1799, la ville de Jaffa est prise et pillée par les Français. Quelques centaines de prisonniers sont exécutés. Le 19 mars 1799, Bonaparte met le siège devant Saint-Jean-d'Acre. Le 13 avril 1799, les cavaliers de Junot, un général sous les ordres de Bonaparte, mettent en déroute les cavaliers ottomans à la bataille de Nazareth et le 16 avril 1799, Bonaparte et Kléber écrasent l’armée turque de secours envoyée par le sultan pour libérer le siège de Saint-Jean d’Acre à la bataille du Mont-Thabor. Bien que victorieuse à cette bataille, le 16 avril 1799, l’expédition en Syrie est ensuite décimée par la peste puis arrêtée à Acre. Le 17 mai, l'armée française bat en retraite. Le 14 juin, le général Bonaparte arrive au Caire et, dans un retournement de situation, bat les Turcs le 25 juillet à la bataille terrestre d'Aboukir. De retour en Egypte, il confie le commandement au général Kléber puis repart en France, bien décidé à profiter de la situation du Directoire, propice à un coup de force. La campagne se soldera par un repli des restes de l'armée républicaine. Sur 55 000 hommes au commencement, 25 000 ne reviendront pas en France. Quant aux Ottomans, ils subissent 65 000 pertes, blessés, ou prisonniers sur un effectif de 220 000 soldats.
La campagne d'Egypte fut un échec militaire mais le débarquement de scientifiques qui ont étudié le pays, compense les pertes militaires par une avancée scientifique sur une contrée dont l'histoire est, à cette époque, inconnue des Européens.